Universitas Diponegoro membentuk Departemen Biologi pada tahun 1975. Unit tersebut merupakan konsolidasi bidang biologi dari berbagai fakultas yang berbasis Biologi, seperti Fakultas Kedokteran dan Fakultas Peternakan & Perikanan. Departemen Biologi memiliki peran sebagai fasilitator pengajaran dan praktikum bidang Biologi pada fakultas-fakultas yang berbasis Biologi. Sesuai dengan Rencana Induk Pengembangan (RIP) Universitas Diponegoro pada saat itu, Departemen Biologi berkembang menjadi embrio Jurusan Biologi pada Fakultas MIPA.

Implementasi perencanaan pendirian Fakultas MIPA dimulai pada tahun 1987, dan tahun akademik 1988 Universitas Diponegoro membuka 3 program studi baru, yaitu: Biologi, Kimia, dan Fisika. Jurusan Matematika secara struktural masih di bawah Fakultas Teknik. Pengelolaan operasional ke-empat Program Studi tersebut di atas (Matematika, Biologi, Kimia, dan Fisika) berada di bawah Badan Pengelola MIPA (BP-MIPA), berdasarkan SK Rektor Universitas Diponegoro No. 63/SK/PT09/1988.

Berdasarkan SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 0369/O/1993 Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (MIPA) secara resmi telah berdiri di Universitas Diponegoro. Legalitas program studi Biologi didukung oleh SK. Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 220/DIKTI/Kep/1996. Semenjak saat itu program studi Biologi UNDIP mengembangkan organisasi dan manajemen internal dalam rangka peningkatan kualitas. Pada Tahun 2009 dengan SK DIKTI No. 818/D/T/2009 tanggal 27 Mei 2009 Jurusan Biologi mengembangkan Program Studi Magister Biologi (S2).

Berdasarkan SK Rektor Universitas Diponegoro No. 1122/UN7.P/HK/2016 Tahun 2016, Tentang Penetapan Departemen pada Fakultas di lingkungan Universitas Diponegoro, Jurusan Biologi berubah nama menjadi Departemen Biologi, dengan 2 Program Studi yaitu Program Studi Sarjana S1 Biologi dan Pascasarjana S2 Biologi. Pada tahun 2018 dibentuk Program Studi S1 Bioteknologi. Sehingga Departemen Biologi saat ini mengkoordinasikan 3 Program Studi yaitu : Prodi S1 Biologi, Prodi S1 Bioteknologi dan Prodi S2 Biologi.